Régészeti leletek bizonyítják, hogy a település őse az avar kortól lakott volt. Az első nagy néppusztítást az Alföldet letaroló mongol, tatár hordák végezték, s ennél is végzetesebb volt az oszmán hódítás.

Az ALMÁS, HAJMÁS néven említett település a Rákóczi szabadságharcot megtorló délvidéki hadjárat után kezd véglegesen betelepülni elsősorban délszlávokkal (nagyobb részt katolikus illírekkel), valamint az ország északi részeiről áttelepülő magyar, kisebb részben szlovák szökött jobbágyokkal.
Bél Mátyás az 1735-ös leírásában Felső-Almás néven, kicsiny faluként említi.

1740-től saját parókiája és temploma van. Az 1768-as kincstári térképen a falu már a mai helyén van, a szőlők is fel vannak tüntetve. 1772. július 20-án ALMASKA SELO kamarai falu címén urbáriumot kapott.

Jó termőföldje miatt az 1780-as években a lakosság száma a belső migráció, valamint Mária Terézia és II. József német betelepítési programja folytán ugrásszerűen növekedett. A németek (svábok) magasabb szintű termelési kultúrája hozzájárult a földközösség korai megszűnéséhez, az árutermelés kialakulásához. 1803-ban Almás egész területét megszerezték a közbirtokosok, akik 1808-ban kieszközölték az országos vásártartási jogot, a mezővárosi címet. 1848-ban Almás országgyűlési követválasztó központ lett, említésre méltó, hogy a lakosság Vörösmarty Mihályt választotta képviselőjévé Kossuth Lajos ajánlására.

A lakosság létszámának növekedésével párhuzamosan a településen 1837 óta van gyógyszertár, 1855-től posta, kórház, 8 tantermes iskola, 1862-től távíró.

Mezővárosi címét 1871-ben vesztette el, de közigazgatási szerepköre földrajzi fekvése folytán megnőtt, 1873-tól járási székhely lett Bács-Almás. Végleges helynevét (Bácsalmás) 1904-ben törvényhatósági rendelettel állapították meg.

Az 1890-es évektől hatalmas gazdasági fellendülés jellemezte a települést. A homokos határrészek felparcellázása után szőlőt telepítettek, tanyákat építettek. A vasútvonalak 1885-ös (Bátaszék-Baja-Bácsalmás-Szabadka) és 1903-as (Kiskunhalas-Bácsalmás-Zombor-Apatin) kiépítésével a település bekerült a modern gazdasági vérkeringésbe.

1944-től a történelmileg kialakult és az adottságokhoz alkalmazkodott gazdasági-társadalmi-népességi rendszer alapjaiban megváltozott. Az általános mozgósítások, a gettóba tömörített zsidók elhurcolása, majd a szovjet katonai megszállás és a délvidéki partizánakciók, a Dél-Bácskából idemenekülők elhelyezése és élelmezése, 1945 januárjától a Szovjetunóba történő internálások, a németek vagyonelkobzása, majd nagyrészük kitelepítése (kb. 4500-4800 fő) végzetes következményekkel járt. A Csallóközből betelepített magyar családok létszámban nem pótolták a kitelepítések által okozott veszteségeket. Az üldöztetések (kulákok), a Tito korszak miatt létrehozott határsáv, az ötvenes évek anomáliái (a beszolgáltatási kötelezettség) miatt csoportosan kényszerült elhagyni a lakosság a települést ipari vidékeken vagy nyugaton (1956) remélve a boldogulást. A lakosság mintegy 50%-a kicserélődött. A jugoszláv határmentiség következménye volt a közigazgatási szerepkör megcsorbítása. 1949-ben először a külterület egy részét csatolták Kunbajához, 1952-ben a tanyás, sűrűn lakott külterületi történelmi borvidékből hozták létre Bácsszőlős önálló községet. 1962. március 31-én megszűnt a bácsalmási járás. A járás nagyobbik részét - közte Bácsalmást - a bajai járáshoz, a többi részét a kiskunhalasi járáshoz csatolták. Rekonstrukció címen megszüntették, majd felszedték a településeket összekötő vasútvonalakat, Bácsalmás megszűnt, mint vasúti központ (azóta a településen áthaladó Kiskunhalas-Baja szárnyvonal egyik állomásaként működik).

A fejlődés az 1960-as évek közepétől a mezőgazdasági üzemek, a nagyobb beruházások állami támogatásával és az Alföld iparosításának országos célként meghirdetett programjával kezdődött. A leányvállalatként létrejött ipari üzemek elsősorban a szabad női munkaerőre épültek. Az 1980-as évek végétől zajló gazdasági változások a várost hátrányos helyzetbe sodorták. A periférikus fekvés és a délszláv konfliktus miatt a külső befektetők - Peter Kähnyt kivéve - elkerülték Bácsalmást. A munkahelyek mintegy kétharmada megszűnt, tartóssá vált a munkanélküliség, felerősödött a kvalifikált népesség eláramlása.
A rendszerváltást követő első többpárti választáson a Magyar Demokrata Fórumhoz tartozó Karsai Péter lett a körzet országgyűlési képviselője. A helyhatósági választáson a város közéletében szerepet játszó MSZP, MDF, SZDSZ, FKGP együttes támogatásával a független jelöltként induló Tóth Árpád református lelkészt választották Bácsalmás polgármesterévé. 1994-ben a szocialista dr. Tabajdi Csaba, 1998-ban és 2002-ben dr. Fenyvesi Máté előbb a kisgazdapárt, majd a Fidesz színeiben szerzett mandátumot. 1994-ben és 1998-ban polgármesternek újraválasztották Tóth Árpádot. 2002-ben és 2006-ban a lakosság Zalántai Endrét választotta a város polgármesterévé. 2006-ban a Fidesz - KDNP jelöltje, Bányai Gábor lett a választókerület egyéni képviselője. A 1994-től horvát és német, 1998-tól cigány kisebbségi önkormányzat is működik.
A város történetének utóbbi másfél évtizedét sajátos kettősség jellemzi. Nőttek a gazdasági nehézségek, általában nehezebbé vált az élet, ugyanakkor, ha nagy erőfeszítések árán is, de fejlődött a város infrastruktúrája.
A kilencvenes évek jelentős eseménye a határátkelő megnyitása, a legnagyobb beruházás a kollégium építése és a gimnázium bővítése volt. Az utóbbi években a decentralizált, központi ágazati és uniós pályázatok keretében Bácsalmás Város Önkormányzata jelentős összegeket fordíthatott gyermek-, szociális- és egészségügyi ellátást biztosító létesítmények kialakítására, felújítására, valamint informatikai fejlesztésekre.